Introducción: Los métodos de subtipificación  molecular de microorganismos son la base de los programas de vigilancia epidemiológica actuales. La Electroforesis de Campos Pulsantes (ECP) constituye el estándar de oro para la subtipificación  molecular bacteriana porque permite analizar el genoma completo de las bacterias en un único experimento. Objetivos: hacer un análisis del genotipo en una pequeña muestra de bacterias aisladas en niños durante un brote de faringitis y comprobar si la genotificacion permite la identificación de la(s) cepa(s) circulando en ese periodo de tiempo en la población infantil enferma. Materiales y métodos: Se caracterizaron mediante electroforesis de campos pulsantes 12 aislados de Streptococcus beta hemolítico perteneciente a niños con faringoamigdalitis atendidos en el Hospital Juan Manuel Márquez durante un brote de faringitis aguda en los meses de enero a marzo de 2008. Resultados: Mediante el test de seroagrupamiento se encontró que 6 de los aislados, correspondiente al primer periodo del brote, eran Streptococcus del grupo C y los otros 6 aislados clasificaron como Streptococcus pyogenes, con una mayor presencia en la segunda etapa del brote. La subtipificación mediante la macrorrestriccion con SmaI y electroforesis de campos pulsantes mostró la existencia de dos poblaciones clonales consecutivas durante el brote. Conclusiones: Los resultados obtenidos demuestran la utilidad que pudiera tener la subtipificación  de aislados mediante electroforesis de campos pulsantes durante un brote o una reemergencia facilitando el  control epidemiológico, la localización de la fuente y la toma de decisiones cuando esta fuera necesaria.